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轉錄組水平amiRNA篩選鑒定擬南芥激素運輸功能基因
發(fā)布時間： 2019-12-18 點擊次數(shù)： 2409次信號分子的運輸在調節(jié)植物生長、發(fā)育和環(huán)境應答方面起到非常重要的作用。非常顯著的例子就是植物激素的空間分布控制植物發(fā)育模式。
以色列特拉維夫大學Eilon Shani研究團隊使用amiRNA進行轉錄組多目標正向遺傳篩選，形成了3000個株系的文庫，表達了1777amiRNA。通過鑒定基因型和量化表型，其中80個株系表現(xiàn)出可重復的莖生長表型。在這個種群中，研究者發(fā)現(xiàn)并描述了未研究過的ABCB6和ABCB20基因在激素運輸和響應方法的重要作用。這一研究成果發(fā)表在《Nature Communications》。
這一研究工作的關鍵點之一是對大量的樣品進行定量化表型測量與分析，通過表型鑒定來確定研究的功能基因。如果使用傳統(tǒng)的表型測量技術，工作量將是非常巨大的，而且數(shù)據結果中可能會有各種因素造成的大量誤差。而本研究中使用的PlantScreen高通量植物表型成像分析系統(tǒng)運用新的植物表型成像分析技術完美解決了這一問題。
研究者通過PlantScreen高通量植物表型成像分析系統(tǒng)模擬正常的生長條件，通過RGB彩色成像單元和FluorCam葉綠素熒光成像單元進行植物色差（植物色彩分布與比例）、形態(tài)學（葉面積、周長、離心率、旋轉對稱性、圓度、緊密度）、光合作用（熒光衰減比率Rfd_Lss、小熒光F0、光穩(wěn)態(tài)PSII量子產額QY_Lss、光穩(wěn)態(tài)大熒光Fm_Lss、大PSII量子產額QY_max、光穩(wěn)態(tài)非光化學淬滅NPQ_Lss、光穩(wěn)態(tài)大PSII量子產額Fv/Fm_Lss）。
通過對著一系列表型數(shù)據的分析，研究者確定了這些株系是一個*的遺產資源，非常有利于理解植物激素運輸過程。他們正是通過表型發(fā)生顯著變化的株系，發(fā)現(xiàn)了ABCB6和ABCB20基因在激素運輸和響應方法中發(fā)揮的作用。
參考文獻：
Zhang Y, et al. 2018. A transportome-scale amiRNA-based screen identi?es redundant roles of Arabidopsis ABCB6 and ABCB20 in auxin transport. Nature Communications 9, 4204
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